En la final enfrentaron al Cruz Azul de México, y tras un global de 1 a 1, se definió en los penales, donde Boca volvió a ganar de nuevo La Copa. El 27 de noviembre de 2001, Boca enfrentó al Bayern Múnich de Alemania por la Copa Intercontinental, y a pesar de pelear todo el partido, la expulsión del Chelo Delgado y el polémico arbitraje por las constantes faltas a Riquelme y al equipo, perjudicaron a Boca que acabó perdiendo 1 a 0 sobre el final.
