Por tanto también disputaron el mismo año la Supercopa de Alemania, que ganarían al vigente campeón de la Bundesliga el VfL Wolfsburgo en el Volkswagen-Arena con tantos de Mertesacker y Clemens Fritz. La recuperación y consolidación definitiva llegó en 2004, cuando ganaron la Bundesliga y la DFB-Pokal consiguiendo un doblete histórico. En la temporada 2008-09 pese a haber finalizado décimos en la liga llegaron a la final de la Copa de la UEFA, que perderían en el Estadio Şükrü Saracoğlu ante el Shaktar Donetsk en el tiempo de descuento; y a la final de la Copa de Alemania, que acabarían ganando al Bayer 04 Leverkusen gracias a un gol del mediocampista alemán Mesut Özil en la segunda parte del encuentro.
